Согласно приказу минфин РФ №84н от 15.06.2016 "Об утверждении форм и сроков представления в электронном виде заявок о фиксации...", положения которого применяются только для предприятий розничной торговли алкогольного рынка (новость), сроки фиксации заявок для различных документов следующие:
Заявка о фиксации в ЕГАИС информации о передаче, внутреннем перемещении, возврате АП (расходные и возвратные накладные, а так же документы перемещения) - в срок не более трех рабочих дней с даты фактической передачи продукции.
Днем фактического получения считается дата, которая указывается при получении продукции в бумажной накладной.(Источник - поддержка ФС РАР)
Полный текст приказа во вложении.