Данная система учета позволяет выгружать накладную в нужном нам формате (excel). 

Для выгрузки документа в файл нужно в разделе Продажи - Отгрузки выбрать нужный документ, нажать Печать, выбрать нужный шаблон документа - 



Далее в открывшемся окне выбрать формат документа (если не установлен по умолчанию) - 

При этом документ будет скачан на устройство.

Так же, можно настроить обмен накладными через программу:

Вы можете высылать контрагентам счета, договоры и другие документы прямо из МоегоСклада. Шаблоны документов можно настроить по собственному усмотрению.

Рассмотрим отправку документа на примере счета покупателю:

• Зайдите в раздел Продажи → Счета покупателям.
• Нажмите на счет — откроется карточка документа.
• Вверху нажмите на кнопку Отправить и выберите нужный шаблон в выпадающем списке.

• Введите электронный адрес контрагента.
• При желании измените тему письма и сообщение.
• Выберите, хотите ли вы отправить ссылку на документ или сам документ во вложении (в таком случае выберите формат — Excel или PDF).
• Обратите внимание, что вместо {link} в сообщение автоматически подставится реальная ссылка, а вместо {attachment} — реальный файл. Не изменяйте и не удаляйте слова и фигурные скобки при редактировании.

• Нажмите Отправить письмо.

  На отправку сообщений действуют лимиты. Для всего аккаунта — не более 100 сообщений за 5 минут и 200 сообщений за час. Для пользователя — не более 50 сообщений за 5 минут и 100 сообщений за час. На Бесплатном и Пробном тарифах — не более 5 писем в час для всего аккаунта.

Инструкция взята с сайта: https://support.moysklad.ru/hc/ru/articles/115006375488