1. РАР сам об этом сообщил своими письмами. 

Не знаю, как тут можно сомневаться дальше, если сам контролирующий орган сверяет остатки на конец квартала в егаис и декларации. И ругается, если они плохо сходятся.

Пример во вложении.

2. Невозможность проверить настоящий факт пролива

Правила заполнения декларации говорят о том, что нужно указывать объем розничной продажи, как можно сверить цифры с фактом?

Декларацию сдают по состоянию остатков последнего числа каждого третьего месяца. Но саму подачу данных осуществляют спустя 20 дней.
Т.е. даже если проверка приедет 21 числа, то разрыв в данных будет овер 2 рабочих недели. За это время можно пролить мильен литров. Это невозможно сверить.

3. Делайте так, как считаете удобным

DocsInBox позволяет указать данные по нашей системе автоматически - т.е. по списаниям в ЕГАИС.
НО также позволяют указать проливы руками ИЛИ ЗАГРУЗИТЬ РАСХОДЫ ИЗ УЧЕТНОЙ СИСТЕМЫ
Аж три способа указания расходов:

• По егаис
• Руками
• Загрузить XML из УС

По алко-журналу

Также данный вывод можно подкрепить тем, что исходя из  постановления Правительства Российской Федерации от 19 июня 2006 г. N 380 (ред. от 29.12.2017):

13. Информация, зафиксированная в журналах, указанных в пункте 11 настоящих Правил, используетсяорганизациями, осуществляющими производство и оборот продукции, а также индивидуальными предпринимателями, осуществляющими розничную продажу пива, пивных напитков, сидра, пуаре и медовухи, при заполнении деклараций об объеме производства, оборота и (или) использования этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции, об использовании производственных мощностей".Т.е. журнал используется для заполнения декларации, а если в журнал вносим всю кегу, то тогда и в декларацию надо вносить всю сразу.

Итого

С одной стороны, есть правила заполнения, где написано, что указывать нужно фактические объемы.
С другой - это невозможно проверить, а сам РАР с недавнего времени стал сам опираться на данные в ЕГАИС.

Наше ПО дает возможность сделать и то и другое, пользователь делает так, как сам решит. Мы рекомендуем сдавать по ЕГАИС.